Karl wurde als Sohn des Arztes Franz Joseph Müller Edler von Friedberg aus Näfels geboren (gemäss historischem Lexikon und Wikiprdia am 24. Februar 1755; gemäss Grabstein am 24. Juli 1755). Sein Vater war Landshofmeister (d.h. Premierminister) der Fürstabtei St. Gallen und wurde 1774 vom deutschen Kaiser zum Edlen von Friedberg, 1791 sogar zum Freiherrn ernannt. Nach dem Studium in Besançon und Salzburg trat der Sohn in den Fussstapfen seines Vaters als Hofkavalier in die Dienste des Fürstabtes von St. Gallen. Er wurde zum Pfalzrat ernannt, 1782 übernahm er die Obervogtei Rosenberg (Berneck) im Rheintal, 1783–1792 die Obervogtei des Oberbergeramtes im Fürstenland. Der Höhepunkt seiner Karriere in äbtischen Diensten war die Ernennung zum Landvogt des Toggenburgs 1792. Neben seinen Amtsgeschäften verfasste Karl Dramen und staatsphilosophische Schriften.
Seine Laufbahn nahm 1798 eine dramatische Wende, als er im Zuge des Zusammenbruchs der alten Ordnung in der Eidgenossenschaft am 1. Januar 1798 ohne Rücksprache und gegen den Willen des Fürstabtes Pankraz Vorster die Landschaft Toggenburg in die Unabhängigkeit entliess. Als Dank wurde ihm zwar das Ehrenbürgerrecht der Stadt Lichtensteig zugesprochen, seine Karriereaussichten bei einer allfälligen Restauration der alten Ordnung waren aber klar dahin, da er in den Augen des Fürstabtes als treuloser Verräter galt. 1798 bis 1800 vertrat er als Protektor die Interessen des adligen Damenstiftes Schänis und versuchte vergeblich, sich am Hof in Wien zu bewerben.
Als Vertreter der Partei der Unitarier (Zentralisten) trat Karl in die Politik der Helvetischen Republik ein, die seit 1798 als französische Tochterrepublik auf dem Territorium der alten Eidgenossenschaft bestand. 1799 wurde er Mitglied der helvetischen Finanzkommission, dann Vorsteher der Staatsdomänen, 1801 Abgeordneter in der helvetischen Tagsatzung für Glarus, 1802 provisorischer Staatssekretär des Äussern und schliesslich Senator. Der helvetische Senat entsandte ihn noch im gleichen Jahr zur helvetischen Consulta nach Paris.
An der Consulta in Paris bewies Karl erneut seine politische Wendigkeit, als er trotz seiner zentralistischen Haltung sich auf die Seite der Föderalisten schlug, als Bonaparte klarmachte, dass er eine föderalistische Schweiz wünsche. Als Napoléon Bonaparte mit der Mediationsakte aus den Resten der helvetischen Kantone Linth und Säntis den Kanton St. Gallen schuf, wurde Karl am 14. Februar 1803 von Bonaparte persönlich zum Präsidenten der Regierungskommission ernannt, die den Kanton konstituieren sollte. Dabei konnte Karl auf die Unterstützung des einflussreichen Zürchers Paul Usteri und des französischen Aussenministers Talleyrand zählen.
Kark organisierte den neuen Kanton mit Geschick und mit eiserner Hand. Er war während 28 Jahren die bestimmende Figur im Kleinen Rat (Regierung) des Kantons St. Gallen und wechselte sich gemäss der Verfassung mit einem reformierten Kollegen im Amt eines Präsidenten des Kleinen und des Grossen Rates (Kantonsparlament) ab, seit 1815 mit dem Titel eines Landammanns. Gleichzeitig war er auch Abgeordneter in der eidgenössischen Tagsatzung.
Sein politischer Hauptgegner war zeit seines Lebens der ehemalige Fürstabt von St. Gallen, Pankraz Vorster, der vergeblich eine Wiederherstellung der Fürstabtei anstrebte. Da in der Mediationsverfassung die Wiederherstellung der Klöster verankert war, machte sich Vorster nicht unbegründete Hoffnungen. Karl sah jedoch in der Rückgabe der umfangreichen Klostergüter auch ohne Wiederherstellung der politischen Souveränität des Klosters eine grosse Gefahr für den neuen Kanton. In der Tat bildete das Klostergut die Basis für das Staatsgut des neuen Kantons. 1805 setzte deshalb Karl per Gesetz die endgültige Aufhebung des Klosters St. Gallen durch und liess das Klostervermögen rücksichtslos liquidieren.
1814 schaffte es Karl, den Mediationskanton St. Gallen gegen partikularistische Interessen zu verteidigen, teilweise nur durch den Einsatz von Waffengewalt. Er verfasste eine auf ihn zugeschnittene autoritäre, zentralistische und undemokratische Kantonsverfassung im Sinne der Restaurationszeit. Sein autoritärer, teilweise fast diktatorischer Regierungsstil machte ihn – trotz vorheriger Klosteraufhebung – zum Feindbild der radikal-liberalen Opposition, die 1831 im Zug der Regeneration seinen Sturz herbeiführte.
Kinder: Beda Karl Josef (* 9. Dezember 1783 in Näfels, † 1. Oktober 1863 in Konstanz), Maria Josefa Anna Carolina (* 11. Januar 1786 in Näfels), Beatus Anton Karl Josef (* 7. April 1790 in Näfels, † 28. Februar 1873 in Genua), Maria Antonia Johanna Müller (* 29. September 1792 in Näfels). Zog sich nach 1831 nach Konstanz zurück.
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